Флаг Пустошкинского района был утверждён 29 июня 2007 года. 

Флаг Пустошкинского района включён в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под номером 3549.

Флаг является гербовым.

Идея флага принадлежит Мочёнову Константину Фёдоровичу, В. Медведеву, А. Фадеенкову, Н. Сайкову. Художник флага - Маланичев Роберт Иванович.

Описание

"Прямоугольное зелёное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущие фигуры герба: две жёлтые полосы в 1/15 ширины полотнища каждая: одна отстоит от нижнего края на 2/15 ширины полотнища, а вторая нисходит от древка к нижнему краю, пространство между полосами и под ними заполнено синим; над перекрестьем полос изображён красным, серым и чёрным цветами аист, стоящий на одной ноге на перекрестье".

Символизм

• Зелёный цвет в геральдике олицетворяет плодородие, надежду, здоровье, леса региона.
• Синий цвет в геральдике символизирует озёра, красоту, величие.
• Золотой цвет в геральдике обозначает величие и богатство.
• Красный цвет в геральдике является символом радости, отваги.
• Аист в геральдике олицетворяет мир, почтительность к родителям и чистоту природы. Также аисты распространены в данной местности.

Источники

• Решение Собрания депутатов Пустошкинского района от 29.06.2007 № 21 "О флаге муниципального образования "Пустошкинский район".

см. также все флаги Псковской области.