Уезды Эстонии получили флаги в 1939 году по образцу флага, установленным в указе Президента К. Пятса от 7 августа 1939 года. Именно тогда все уезды получили унифицированные флаги с двумя горизонтальными полосами, верхняя была белого цвета, а нижняя - зелёного. В центре белой полосы располагался герб уезда. Частично вернули исторические флаги только в 1996 году. Работа по созданию флагов уездов заняла около 19 лет. Начало было положено в 1920 году.

Флаг уезда Валгамаа

Флаг уезда Вильяндимаа

Флаг уезда Вырумаа

Флаг уезда Ида-Вирумаа

Флаг уезда Йыгевамаа

Флаг уезда Ляэне-Вирумаа

Флаг уезда Ляэнемаа

Флаг уезда Пылвамаа

Флаг уезда Пярнумаа

Флаг уезда Рапламаа

Флаг уезда Сааремаа

Флаг уезда Тартумаа

Флаг уезда Харьюмаа

Флаг уезда Хийумаа