Флаг Южного Судана представляет прямоугольное полотнище с тремя горизонтальными полосами черного, красного, зеленого (сверху вниз) цветов, что очень напоминает флаг Кении. Отличием является то, что у древка расположен синий треугольник с желтой звездой.

Черный цвет символизирует народ государства.

Красный цвет традиционно считается цветом борьбы за независимость.

Зеленый цвет  символизирует сельское хозяйство.

Синий цвет олицетворяет Нил.

Белые полосы – стремление к миру.

Флаг был принят 9 июля 2005  года.

Имеет соотношение сторон 1:2.