Первый государственный и национальный флаг Лесото был официально принят 4 октября 1966 г., в День независимости. Он просуществовал до 1987 года. Тогда в стране произошел военный переворот. Власть в стране изменилась, вместе с ней был изменен государственный символ. Новый флаг утвердили 15 января 1987 года.  Второй государственный флаг просуществовал до 5 октября 2006 года.

Современный флаг состоит из трёх горизонтальных полос: синей, белой и зелёной. Ширина полос соотносится между собой как 3:4:3. В центре белой полосы помещено чёрное изображение мокоротло (традиционного головного убора басуто), высота которого составляет 92 % ширины белой полосы.

Законопроект о новом флаге был принят к 40-ой годовщине провозглашения независимости 84 голосами депутатов парламента против 18 голосов.

Белый цвет символизирует - мир, синий - воду, зелёный - благосостояние и процветание.

 Флаг Лесото 20 января 1987 — 4 октября 2006

 Флаг Лесото 4 октября 1966 — 20 января 1987